第三條是指控日本戰犯的證據之間必須一致，第四條是指控日本戰犯犯罪的因果關係必須清楚，第五條是指控日本戰犯有關偵察工作的一切法律文書和法律手段必須齊全，具有法律效力。
這些條件也被做為起訴日本戰犯罪犯的指導方針，於是，華夏的偵訊檢察人員反複核對審查依據上述條件所指控起訴的材料，目的就是保證針對被告的每項證據都確鑿充分。
同時，華夏特別軍事法庭指控日本戰犯的每一項犯罪事實，都必須要有五個方麵的證據共同佐證，第一個是審訊筆錄，第二個是日本戰犯的罪行交代材料，第三個是經過確認的證人材料，第四個是檔案材料，例如日偽的檔案文件，第五個是同案犯的檢舉揭發。
華夏特別軍事法庭對於核準定案的案件，會將所有的偵查案卷交給受審對象閱覽，逐一逐件的進行辨認，然後一一簽，因此，華夏特別軍事法庭為庭審準備的證據非常的充分。
華夏特別軍事法庭在沈陽的特別軍事法庭，就一共掌握了兩萬八千多件控訴書、鑒定書和八千多份與本案有關的日偽檔案。
華夏特別軍事法庭審還查了大量的物證和書證，聽取了控訴人的陳述和證人的證言，以保證提供的證明材料足以使指控排除合理懷疑。
在鈴木啟久等人的案件中，華夏特別軍事法庭審查了九百二十名控訴人，其中包括了受害人及其親屬，提出的控訴書三百三十八件，被告人部下及同僚提出的檢舉書十九件，八百一十四名證人的證詞一百一十二件，還有被告人在偵查過程中的口供、筆供以及其他證據材料，並且聽取了傳喚到庭的十九名證人的證言和被告人自己的供述。
在武部六藏等人的案件中，華夏特別軍事法庭審查了控訴人九百四十九人，提出的控訴書六百四十二件，被告人的原部下及同僚七十四人提出的檢舉書四十七件，一千二百一十一名證人的證詞三百六十件，與本案有關的日偽檔案書刊三百一十五件，還有被告人在偵查過程中的口供、筆供，以及其他證據材料，並且聽取了傳喚到庭的四十七名證人的證言和被告人自己的供述。
在城野宏等人的案件中，華夏特別軍事法庭審查了六百八十一名控訴人提出的控訴書三百一十六件，被告人的原部下及同僚一百一十九人提出的證詞一百五十三件，一百四十三名證人的證詞八十三件，本案有關的檔案文件五十件和其他證據材料三百四十九件，並且聽取了十二名被害人的當庭控訴，二十三名證人的當庭證言。
在富永順太郎等人的案件中，華夏特別軍事法庭審查了二十四名證人的證詞，與本案有關的日偽檔案文件和證物一百零二件，並且聽取了傳喚到庭的六名證人的證言。
提交給華夏特別軍事法庭的證據中，包括了控訴人的控訴書、證人證詞、被告人原部下和同僚的證詞、檔案文件、被告供述以及控告人和證人的當庭陳述，在如此充分的證據的支撐下，所有被指控的日本戰犯全都承認了被指控的罪行。
就程序規則而言，一九五六年《關於處理在押日本侵略華夏戰爭中戰爭犯罪分子的決定》的規定比較的簡單。
除了兩項關於被告人權利的條文外，《關於處理在押日本侵略華夏戰爭中戰爭犯罪分子的決定》還規定了華夏人民政府特別軍事法庭的判決是終審判決，所以，華夏人民政府特別軍事法庭的判決是不能上訴的，這與紐倫堡國際軍事法庭以及遠東國際軍事法庭的實踐是相符的。
《關於處理在押日本侵略華夏戰爭中戰爭犯罪分子的決定》還規定被判刑的日本戰犯在服刑期間如果表現良好，依據《關於處理在押日本侵略華夏戰爭中戰爭犯罪分子的決定》的第六條規定，也是可以提前釋放。
同時，根據相關法律規定，華夏人民政府特別軍事法庭確定了審判公開的原則，被告人有權獲得辯護的原則，以及公民有權使用本民族語言文字進行訴訟的原則，審判合議製度等刑事訴訟基本原則和製度。
由於華夏的刑事訴訟程序規則與大陸法係相近，所以，華夏特別軍事法庭的審判程序大致為，首先是公訴人宣讀起訴書，接下來是法庭調查，主審法官就每個被指控的犯罪事實訊問被告人，詢問證人，得審判長允許，公訴人和辯護律師可以對被告以及證人發問。
之後，進入法庭辯論環節，公訴人和辯護律師發表各自關於案件的意見並提供證據，雙方可以相互辯論，在辯論結束後，休庭評議前，法庭允許被告人做最終陳述，最後，由法庭公開宣告判決。
並且，華夏特別軍事法庭也充分尊重了被告人在訴訟中的權利，保證了被告人有知曉指控的權利、辯護的權利和公開審判的權利。
被告有權了解他所受的指控，這也是國際人權法規定的被告人的基本權利，考慮到被告人是日本人，所以，《關於處理在押日本侵略華夏戰爭中戰爭犯罪分子的決定》規定特別軍事法庭使用的語言和文件，應該翻譯成被告所了解的語言文字。
在華夏特別軍事法庭審判開始前的一周時間，起訴書的複件以及譯本被送達給各個被告人，這也是符合國際實踐規則的行為。
而且，華夏特別軍事法庭從眾多法學院以及司法部門挑選和任命了三十二人擔任被告人的辯護律師，華夏特別軍事法庭也在開庭前的幾天，依照法定程序，召集辯護律師同被告人見麵並討論案情，當審判開始時，法庭也明確告知被告人有權進行自行辯護或者請律師進行辯護，並有權進行最後的陳述。
同時，被告人的辯護律師也是認真履行職責，保障被告人有權獲得公正的審判。
這些條件也被做為起訴日本戰犯罪犯的指導方針，於是，華夏的偵訊檢察人員反複核對審查依據上述條件所指控起訴的材料，目的就是保證針對被告的每項證據都確鑿充分。
同時，華夏特別軍事法庭指控日本戰犯的每一項犯罪事實，都必須要有五個方麵的證據共同佐證，第一個是審訊筆錄，第二個是日本戰犯的罪行交代材料，第三個是經過確認的證人材料，第四個是檔案材料，例如日偽的檔案文件，第五個是同案犯的檢舉揭發。
華夏特別軍事法庭對於核準定案的案件，會將所有的偵查案卷交給受審對象閱覽，逐一逐件的進行辨認，然後一一簽，因此，華夏特別軍事法庭為庭審準備的證據非常的充分。
華夏特別軍事法庭在沈陽的特別軍事法庭，就一共掌握了兩萬八千多件控訴書、鑒定書和八千多份與本案有關的日偽檔案。
華夏特別軍事法庭審還查了大量的物證和書證，聽取了控訴人的陳述和證人的證言，以保證提供的證明材料足以使指控排除合理懷疑。
在鈴木啟久等人的案件中，華夏特別軍事法庭審查了九百二十名控訴人，其中包括了受害人及其親屬，提出的控訴書三百三十八件，被告人部下及同僚提出的檢舉書十九件，八百一十四名證人的證詞一百一十二件，還有被告人在偵查過程中的口供、筆供以及其他證據材料，並且聽取了傳喚到庭的十九名證人的證言和被告人自己的供述。
在武部六藏等人的案件中，華夏特別軍事法庭審查了控訴人九百四十九人，提出的控訴書六百四十二件，被告人的原部下及同僚七十四人提出的檢舉書四十七件，一千二百一十一名證人的證詞三百六十件，與本案有關的日偽檔案書刊三百一十五件，還有被告人在偵查過程中的口供、筆供，以及其他證據材料，並且聽取了傳喚到庭的四十七名證人的證言和被告人自己的供述。
在城野宏等人的案件中，華夏特別軍事法庭審查了六百八十一名控訴人提出的控訴書三百一十六件，被告人的原部下及同僚一百一十九人提出的證詞一百五十三件，一百四十三名證人的證詞八十三件，本案有關的檔案文件五十件和其他證據材料三百四十九件，並且聽取了十二名被害人的當庭控訴，二十三名證人的當庭證言。
在富永順太郎等人的案件中，華夏特別軍事法庭審查了二十四名證人的證詞，與本案有關的日偽檔案文件和證物一百零二件，並且聽取了傳喚到庭的六名證人的證言。
提交給華夏特別軍事法庭的證據中，包括了控訴人的控訴書、證人證詞、被告人原部下和同僚的證詞、檔案文件、被告供述以及控告人和證人的當庭陳述，在如此充分的證據的支撐下，所有被指控的日本戰犯全都承認了被指控的罪行。
就程序規則而言，一九五六年《關於處理在押日本侵略華夏戰爭中戰爭犯罪分子的決定》的規定比較的簡單。
除了兩項關於被告人權利的條文外，《關於處理在押日本侵略華夏戰爭中戰爭犯罪分子的決定》還規定了華夏人民政府特別軍事法庭的判決是終審判決，所以，華夏人民政府特別軍事法庭的判決是不能上訴的，這與紐倫堡國際軍事法庭以及遠東國際軍事法庭的實踐是相符的。
《關於處理在押日本侵略華夏戰爭中戰爭犯罪分子的決定》還規定被判刑的日本戰犯在服刑期間如果表現良好，依據《關於處理在押日本侵略華夏戰爭中戰爭犯罪分子的決定》的第六條規定，也是可以提前釋放。
同時，根據相關法律規定，華夏人民政府特別軍事法庭確定了審判公開的原則，被告人有權獲得辯護的原則，以及公民有權使用本民族語言文字進行訴訟的原則，審判合議製度等刑事訴訟基本原則和製度。
由於華夏的刑事訴訟程序規則與大陸法係相近，所以，華夏特別軍事法庭的審判程序大致為，首先是公訴人宣讀起訴書，接下來是法庭調查，主審法官就每個被指控的犯罪事實訊問被告人，詢問證人，得審判長允許，公訴人和辯護律師可以對被告以及證人發問。
之後，進入法庭辯論環節，公訴人和辯護律師發表各自關於案件的意見並提供證據，雙方可以相互辯論，在辯論結束後，休庭評議前，法庭允許被告人做最終陳述，最後，由法庭公開宣告判決。
並且，華夏特別軍事法庭也充分尊重了被告人在訴訟中的權利，保證了被告人有知曉指控的權利、辯護的權利和公開審判的權利。
被告有權了解他所受的指控，這也是國際人權法規定的被告人的基本權利，考慮到被告人是日本人，所以，《關於處理在押日本侵略華夏戰爭中戰爭犯罪分子的決定》規定特別軍事法庭使用的語言和文件，應該翻譯成被告所了解的語言文字。
在華夏特別軍事法庭審判開始前的一周時間，起訴書的複件以及譯本被送達給各個被告人，這也是符合國際實踐規則的行為。
而且，華夏特別軍事法庭從眾多法學院以及司法部門挑選和任命了三十二人擔任被告人的辯護律師，華夏特別軍事法庭也在開庭前的幾天，依照法定程序，召集辯護律師同被告人見麵並討論案情，當審判開始時，法庭也明確告知被告人有權進行自行辯護或者請律師進行辯護，並有權進行最後的陳述。
同時，被告人的辯護律師也是認真履行職責，保障被告人有權獲得公正的審判。